Dock6 installation on Ubuntu Linux

What is DOCK?

DOCK addresses the problem of „docking” molecules to each other. In general, „docking” is the identification of the low-energy binding modes of a small molecule, or ligand, within the active site of a macromolecule, or receptor, whose structure is known.

A compound that interacts strongly with, or binds, a receptor associated with a disease may inhibit its function and thus act as a drug.

Solving the docking problem computationally requires an accurate representation of the molecular energetics as well as an efficient algorithm to search the potential binding modes.

Installation procedure

Download DOCK 6 from the official UCSF DOCK web-site and build source like this.

#########################################################
#########################################################
# Compilation procedure for Dock 6.4 on Ubuntu Linux
#
# Date: 2010.12.19
#
# Additional docs (where search for solutions):
# http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/faq.htm
# http://mailman.docking.org/pipermail/dock-fans/2009-September/002247.html
#########################################################
#########################################################

#########################################################
################ install new packages ###################
sudo apt-get install flex
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install byacc
#########################################################

#########################################################
################## CONFIGURE SYSTEM #####################
######
###### set gfortran as g77 (no g77 on Ubuntu)
######
cd /usr/bin/
sudo ln -s gfortran g77

######
###### Set default YACC parser to byacc
######
sudo update-alternatives --config yacc
#########################################################

#########################################################
######################## BUILD ##########################
######
###### Unpack:
######
tar -xvzf dock.6.4_source.tar.gz

######
###### Compile:
######
cd dock6/install/
./configure gnu
make clean
make

#########################################################
######################### DONE ##########################
#########################################################
############ software is in: bin direcotry ##############
#########################################################

What to do next?

Checkout tutorials.

Comments

comments powered by Disqus